丽江微孔草，茎高20-30（-60）厘米，有腋生短分枝，密被开展的硬毛。
茎下部叶有长柄，中部叶有短柄，上部叶无柄，狭椭圆形，长3-10厘米，宽1-2.8厘米，顶端钝或圆形，基部渐狭，全缘，两面均被糙毛。
花序生分枝顶端，直径约1厘米，约有7朵密集的花，其下有2叶。
花具短梗；
花萼长4-5.5毫米，5裂近基部，裂片狭三角形，外面密被长硬毛，内面有长糙毛；
花冠蓝色，檐部直径6-7毫米，裂片圆倒卵形，外面疏被短伏毛，筒部长约2.5毫米，无毛，附属物低梯形，长约1毫米，顶端有短毛。
小坚果三角状卵形，长约3毫米，宽约2.3毫米，有不规则圆锥状突起，背孔狭长圆形，长约2.2毫米，着生面位于腹面基部之上。
7月开花。