甘青微孔草，茎直立或渐升，高10-44厘米，自基部或中部以上分枝，有稀疏糙伏毛和稍密的开展刚毛。
基生叶和茎下部叶有长柄，披针状长圆形或匙状狭倒披针形，或长圆形，长3（-1）-5.5厘米，宽5-15厘米，顶端微尖，基部渐狭，茎上部叶较小，无柄或近无柄，狭椭圆形或狭长圆形，长1-3厘米，两面有糙伏毛，并散生刚毛。
花序腋生或顶生，初密集，近球形，果期常伸长，长达1.5厘米；
苞片披针形至狭椭圆形，长1-4毫米；
花梗长达1毫米；
在花序之下有1朵无苞片的花，具长达5毫米的花梗；
有时在茎中部分枝处有1朵与叶对生具长梗的花。
花萼长2-2.5毫米，两面被短伏毛，外面散生少数长硬毛，5裂近基部，裂片线状三角形；
花冠蓝色，无毛，檐部直径3.8-4.5（-5.5）毫米，5裂，裂片宽倒卵形，筒部长1.5-2（-3）毫米，附属物低梯形或半月形，长约0.3毫米。
小坚果卵形，长约2毫米，宽约1.2毫米，有小瘤状突起和极短的毛，背孔长圆形，长约1毫米，着生面位于腹面近中部处。
7-8月开花。
