云贵水韭，多年沉水植物，植株高15-30厘米；
根茎短而粗，肉质块状，略呈三瓣，基部有多条白色须根。
叶多数，丛生，草质，线形，半透明，绿色，长20-30厘米，宽5-10毫米，横切面三角状半圆2形，有薄膜隔为4和纵行气道，内有长2-4毫米的横向隔膜，叶基部向两侧扩大呈阔膜质鞘状，腹部凹入，其上有三角形叶舌，凹入处生长圆形孢子囊，无膜质盖。
植株外围的叶生大孢子囊，大孢子球状四面形，表面具不规则的网状纹饰（网脊不平），直径360-450微米。
小孢子囊生于内部叶片基部的向轴面，内生多数灰色粉末状小孢子。
染色体2n＝22。
