方茎金丝桃，灌木，高50厘米以上，有多少上升枝条。
茎持久地4棱形至具4 狭翅；
节间长1-2.5厘米，短于叶；
皮层红褐色。
叶无柄；
叶片狭椭圆形至披针形或狭长圆状椭圆形，长1.9-7厘米，宽0.5-1.6厘米，先端锐尖至近锐尖或圆形而具小尖突，基部楔形，边缘平坦，坚纸质，上面绿色，下面淡绿但不呈苍白色，主侧脉2-3对，有时形成明显的近边缘脉，中脉有6-7条羽状分枝，第三级脉网纤细或几不可见，近边缘腺体密生，叶片腺点明显。
花序1花，在茎及自其顶端向下达至6节上生出的短侧枝上顶生，花梗长0.6-1.2厘米；
小苞片叶状至钻形，凋落。
花直径约2.5厘米，近星状；
花蕾卵珠形，先端锐尖。
萼片分离或近分离，在花蕾及结果时直立，长圆状线形至椭圆形或倒披针形，近等大或不等大，长5-8毫米，宽（-2）（-3）毫米，先端近锐尖至锐尖或短渐尖，具7-9脉，中脉多少模糊，小脉少分枝，腺体大多为线形。
花瓣亮黄色，有红晕，多少开张，倒卵形，长1-2厘米，宽0.6厘米，有近消失的小尖突。
雄蕊5束，每束有雄蕊约15枚，最长者长0.9-1厘米，长约为花瓣的4/5。
子房多少呈狭卵珠形，长2-4毫米，宽0.7-1.3毫米；
花柱长（3.3-）4-7毫米，长约为子房的2-2.5倍，柔弱，柱头头状。
蒴果狭卵珠形至圆柱形，长7-9毫米，宽3-4毫米。
种子深黄褐色，狭圆柱形或狭卵珠状圆柱形，长0.9-1.1毫米，几无龙骨状突起但有长而狭的顶端附属物，有很浅的线状网纹。
花期1-3月，果期8月。
