黄花岩黄耆的荚果2-4节，无毛或有时边缘具星散的柔毛，节荚椭圆形、倒卵形、近圆形或菱形，两侧微凹，具网纹，边缘无翅。
黄花岩黄芪的根为直根系，明显木质化。
黄花岩黄芪的叶长8-16厘米，托叶狭披针形，棕褐色干膜质，长10-13毫米，合生近顶部，外被疏柔毛。小叶通常15-19片，具长约1毫米的短柄，叶片长卵形或卵状长圆形，长15-30毫米，宽4-10毫米，先端钝圆或截平，具细尖，基部圆形，上面无毛，下面具疏柔毛或有时沿脉和边缘被疏柔毛。
黄花岩黄芪是一种多年生草本植物，高30-80厘米。