小果囊薹草,根状茎具细长、且坚硬的匍匐茎。
秆高8-14厘米,纤细,三棱形,向上稍粗糙,基部具分裂成网状的老叶鞘。
叶短于秆,宽1毫米,淡绿色,边缘反卷。
苞片短叶状,最下部的与花序近等长,具短鞘。
小穗3个,接近,无柄,顶生小穗雌雄顺序,近棒状,长8毫米;
侧生的雌性,长圆形或卵形,花密生,但基部常稀疏。
雌花鳞片卵形,顶端急尖,具短尖,褐色,边缘具狭的白色膜质。
果囊长于鳞片,卵状椭圆形,钝三棱形,斜展,长2毫米,膜质,黄锈色,脉不明显,基部收缩,顶端急缩成长喙,边缘平滑,喙口具明显2齿;
柱头3个。