孔药短筒苣苔，亚灌木，茎不分枝，高10-20厘米，直径6-8毫米，密被淡黄色长柔毛。
叶具柄，聚集在茎上部或近顶端；
叶片长圆形，长4.5-15厘米，宽3.5-5.5厘米，顶端渐尖，基部楔形，边缘具细锯齿，上面疏被长柔毛（毛长2.5-3毫米），下面疏生极短的柔毛，侧脉每边8-9条，被较密的淡黄色柔毛；
叶柄长0.5-1.5厘米，密被淡黄色长柔毛。
聚伞花序近伞状，近茎顶腋生，具3-5花；
花序梗长3.5-5厘米，密被淡黄色长柔毛；
苞片2，有时几枚轮生，长圆形，长1.5-3毫米，宽0.8-1.2毫米，被长柔毛；
花梗长约8毫米。
花萼5裂至近基部，裂片相等，线状披针形或长圆形，长4.5-5毫米，宽1-1.3毫米，顶端急尖，近全缘，外面被长柔毛，内面无毛。
花冠稍二唇形，白色、淡粉红色，稍短于花萼，长约3毫米，直径约4毫米；
筒长1-1.5毫米；
裂片近圆形，长约2毫米。
雄蕊4，分生，无毛，花丝长0.6毫米，宽0.4-0.5毫米，花药长1.2毫米，药室汇合，孔裂；
退化雄蕊长约0.3毫米。
花盘环状，高0.3-0.5毫米，近全缘。
子房长1.2-1.5毫米，直径0.8-1毫米，密被短柔毛，花柱长于子房，长1.4-3毫米，无毛，柱头头状。
蒴果线形，长2-2.8厘米，直径1-1.2毫米，淡褐色，被微柔毛。
种子长圆形，长0.3-0.4毫米。
花期6-7月，果期8月。
