阿里山蹄盖蕨，根状茎短，直立，先端密被灰褐色、线状披针形的鳞片；
叶簇生。
能育叶长45-60厘米；
叶柄长25-30厘米，直径约2.5毫米，基部黑褐色，密被与根状茎上同样的鳞片，向上淡紫红色，几光滑；
叶片三角状卵形，长30-35厘米，基部宽约18厘米，向顶部略急缩，先端长渐尖，基部较宽，二回羽状；
羽片约10对，互生，斜展，有短柄（长约2毫米），下部的近镰刀状披针形，长约13厘米，中部宽3-3.5厘米（最下的一对不缩短，向基部稍变狭），先端长渐尖，基部圆截形，稍偏斜，一回羽状；
小羽片约14对，基部的对生，向上的互生，斜展，无柄，下部的长圆形，长1.3-1.5厘米，基部宽5-6毫米，先端钝并有小凸头，基部不对称，上侧截形并稍成耳状，下侧楔形，几不下延，向顶部有小尖锯齿，两侧全缘或略成波状。
叶脉上面不明显，下面仅可见，在小羽片上为羽状，侧脉7对左右，斜向上，大都分叉，但耳片上的为羽状。
叶干后纸质，灰绿色，两面无毛；
叶轴和羽轴下面略带淡紫色，疏被短毛，上面有贴伏的钻状短硬刺。
孢子囊群椭圆形，每小羽片3-4对，在主脉两侧各排成1行，靠近主脉；
囊群盖长圆形，有时小羽片基部的成肾形，浅褐色，膜质，全缘，常脱落。
孢子周壁表面无褶皱。
染色体数目n=80。