茎自基部分枝，有鞭状匍匐茎；营养茎常向外倾斜，高10-35厘米，表面有沟棱。
匍匐南芥的基生叶簇生，长椭圆形至匙形，长3-7厘米，宽1.5-2.5厘米，顶端钝圆，边缘具疏齿，基部下延成有翅状的狭叶柄，不具裂片。
种子每室1行，长圆形，长约1.5毫米，无翅，具明显凹点。
花期为3月，果期为4月。