准噶尔乌头，块根倒圆锥形，长2-3厘米，粗0.7-1.2 厘米，2-4枚形成水平的链。
茎高70-110厘米，无毛，等距离生叶，不分枝或分枝。
茎下部叶有长柄，在开花时枯萎，中部叶有稍长柄；
叶片五角形，长约8厘米，宽约12厘米，三全裂，中央全裂片宽卵形，基部突变狭成短柄，近羽状深裂，深裂片2-3对，末回裂片线形或披针状线形，宽3-5毫米，边缘干时稍反卷，两面无毛或几无毛；
叶柄比叶片稍短，无鞘。
顶生总状花序长14-18厘米，有7-15花；
轴和花梗均无毛；
下部苞片叶状，中部以上的线形；
花梗长1.5-3.2厘米，向上直伸；
小苞片生花梗中部之上，钻形，长2-3毫米；
萼片紫蓝色，上萼片无毛，盔形，高约1.8厘米，自基部至喙长约1.6厘米，侧萼片长约1.4厘米，只疏被缘毛，下萼片狭椭圆形；
花瓣无毛，瓣片大，唇长约6毫米，距长1.5-2毫米，向后弯曲；
雄蕊无毛，花丝全缘；
心皮3，无毛。
蓇葖长1.2-1.5厘米；
种子倒圆锥形，有三纵棱，沿棱有狭翅，只一面有波状横翅。
8-9月开花。
