新疆乌头，茎高25-30厘米，有稀疏的短柔毛，不分枝。
基生叶约10，有长柄；
叶片半圆形或圆五角形，长3-5.5厘米，宽3.6-7厘米，三全裂达或近基部，中全裂片菱形或楔状菱形，细裂，末回裂片披针状线形，宽2-3毫米，侧全裂片斜扇形，不等二深裂，两面无毛；
叶柄长5-10厘米，无毛。
茎生叶渐变小，末回裂片宽1-2毫米，叶柄长1-2.8厘米。
总状花序长达10厘米，有3-12花；
轴和花梗有稀疏的开展柔毛；
基部苞片叶状，其他苞片线形；
下部花梗长达6毫米，上部的长1-3毫米；
小苞片生花梗中部，钻形，长2.5-4毫米；
萼片紫蓝色，外面近无毛，上萼片镰刀状船形，自基部至喙长1.6-2厘米，下缘弧状弯曲，侧萼片长1.2-1.5厘米；
花瓣无毛，长约2厘米，瓣片线形，长5.6-6.5毫米，宽约1.4毫米，大部与爪分生，距近球形，长0.6-0.9毫米；
雄蕊无毛；
心皮5，无毛。
8月开花。