云南榧，乔木，高达20米，胸径达1米，树皮淡褐色或灰褐色，不规则纵裂；
小枝无毛，微有光泽，一至二年生枝绿色至黄色或淡褐黄色，三年生枝黄色、淡褐黄色或淡黄褐色;冬芽四棱状长圆锥形或四棱状卵圆形，芽鳞淡褐黄色或黄色，有光泽，质地较厚，交叉对生，排成四行，具明显的背脊。
叶基部扭转列成二列，条形或披针状条形，长2-3.6厘米，宽3-4毫米，上部常向上方稍弯，微呈镰状，先端渐尖，有刺状长尖头，基部宽楔形，上面光绿色，微拱圆，无明显隆起的中脉，有两条常达中上部的纵凹槽，下面中脉平或下凹，每边有一条较中脉带窄或等宽的气孔带，气孔带干时呈淡褐色；
边带较宽，约为气孔带的二至三倍，叶柄短，干时黄色。
雌雄异株，雄球花单生叶腋，卵圆形，具8-12对交叉对生的苞片，成四行排列，苞片背部具纵脊，边缘薄，雄蕊多数，花药4个，稀3个，药室纵裂，药隔斜方形，或先端不规则二裂，边缘有缺齿，花丝粗短；
雌球花成对生于叶腋，无梗，每一雌球花有两对交叉对生的苞片和1枚侧生的小苞片，苞片背部有纵脊，胚珠1枚，直立，生于珠托上。
种子连同假种皮近圆球形，径约2厘米，顶端有凸起的短尖头，种皮木质或骨质，坚硬，外部平滑，内壁有两条对生的纵脊，胚乳倒卵圆形，周围向内深皱，两侧各有一条纵凹槽，与种皮内壁两侧的纵脊相嵌合，顶端有长椭圆形、深褐色凹痕，中央有极小的尖头。
