紫斑蝴蝶草的花果期为7-10月。
紫斑蝴蝶草的花冠为黄色，长1.5-1.8厘米。上唇长约4毫米，宽约5毫米，浅裂或微凹；下唇三裂片彼此近于相等，长约3毫米，宽约3.5毫米，先端钝圆，两侧裂片先端为蓝色，中裂片先端为橙黄色。
紫斑蝴蝶草的萼片为倒卵状纺锤形，长约1.2厘米，宽5-7毫米，果期长达1.8厘米，宽8毫米，具5翅，翅宽彼此不等，其中有2枚较宽，可达2毫米，翅上被缘毛。
紫斑蝴蝶草的蒴果为圆柱状，两侧扁，具4槽，长9-11毫米，宽2-3毫米。