巴布亚檀香，常绿乔木，高达15米。
小枝丛集，细长，圆柱状，灰红褐色，有明显的纵条纹，二年生枝有落叶疤痕。
叶阔或狭椭圆状披针形，膜质，长5-8厘米，宽2-2.8厘米，顶端近锐尖，基部楔形，多少下延，边缘波状，两面无毛，几同色，背面无白粉；
侧脉9-14对，在两面明显，网脉，颇清晰；
叶柄细长，长约9毫米，腹面有沟。
小聚伞花序腋生，长1.5-2.5厘米；
苞片小，早落；
总花梗长约2厘米；
花梗长1-2毫米；
花长5-7.5毫米，绿色，花被管钟形，长2-3毫米，基部急收狭，下延呈柄状，花被裂片4，长2-3毫米，宽1.5-1.8毫米，卵形，顶端近锐尖或近渐尖，内面绿白色，不变色；
雄蕊4枚，花药长1-1.5毫米，暗紫色，花丝长约1.5毫米，绿白色，基部被微毛；
花盘裂片长圆形，长1毫米，土黄色；
花柱长4毫米，绿白色，稍外伸，柱头3裂。
核果卵球形，长9毫米，直径8毫米，成熟时黄红色，顶端缢缩，花被残痕直径2-2.5毫米，宿存花柱基呈脐状突起。
花期7月，果期10月。