南川鼠尾草的花冠紫红色，长0.9-3厘米，长筒形，二唇形，上唇长圆形，下唇三裂。
南川鼠尾草的花期是7-8月。
南川鼠尾草的茎直立，高20-65厘米，单生或少数丛生，不分枝，钝四稜形，具沟，密被平展白色长绵毛。
南川鼠尾草主要分布在四川南部和湖北西部，生于河边岩石上，海拔1700-1800米。