云南石仙桃，根状茎匍匐、分枝，粗4-6毫米，密被箨状鞘，通常相距1-3厘米生假鳞茎；
假鳞茎近圆柱状，向顶端略收狭，长（1.5-) 2-5厘米，宽6-8毫米，幼嫩时为箨状鞘所包，顶端生2叶。
叶披针形，坚纸质，长6-15厘米，宽7-18（-25）毫米，具折扇状脉，先端略钝，基部渐狭成短柄。
花葶生于幼嫩假鳞茎顶端，连同幼叶从靠近老假鳞茎基部的根状茎上发出，长7-9 (-12)厘米；
总状花序具15-20朵花；
花序轴有时在近基部处略左右曲折；
花苞片在花期逐渐脱落，卵状菱形，长6-8毫米，宽4.5-5.5毫米；
花梗和子房长3.5-5毫米；
花白色或浅肉色，直径3-4毫米；
中萼片宽卵状椭圆形或卵状长圆形，长3.2-3.8毫米，宽2-2.5毫米，稍凹陷，背面略有龙骨状突起；
侧萼片宽卵状披针形，略狭于中萼片，凹陷成舟状，背面有明显龙骨状突起；
花瓣与中萼片相似，但不凹陷，背面无龙骨状突起；
唇瓣轮廓为长圆状倒卵形，略长于萼片，宽约3毫米，先端近截形或钝并常有不明显的凹缺，近基部稍缢缩并凹陷成一个杯状或半球形的囊，无附属物；
蕊柱长2-2.5毫米，顶端有围绕药床的翅，翅的两端各有1个不甚明显的小齿；
蕊喙宽舌状。
蒴果倒卵状椭圆形，长约1厘米，宽约6毫米，有3棱；
果梗长2-4毫米。
花期5月，果期9-10月。
