花叶海棠与变叶海棠的区别在于花叶海棠的植株比较矮小，树皮较厚，枝条、叶片下面、花梗和萼筒都密被绒毛，叶片深裂，花和果实形状都比较小。
花叶海棠的变种与原变种的主要区别在于果实的形状，变种的果实长圆椭圆形或长圆卵形，而原变种的果实近球形。
花叶海棠在植物分类学报第5卷中有记载。
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