短柱珍珠菜，一年生草本，全体无毛。
茎直立，稍粗壮，高30-50厘米，基部直径达6毫米，具棱角，上部分枝。
叶互生，卵状披针形或椭圆状披针形，长2-6厘米，宽1-2厘米，先端渐尖，基部楔形，下延，边缘有黑色不规则的粗腺条；
叶柄长为叶片的1/3-1/2，具狭翅。
总状花序生于茎端和枝端，疏花；
苞片钻状披针形，比花梗稍长，最下方的1-2枚叶状；
花梗长1.5-2.5 (4) 毫米；
花萼长约3毫米，分裂近达基部，裂片披针形，先端钝，边缘膜质，有腺状缘毛，背面有褐色粗长腺条，中肋稍隆起；
花冠白色，长3.5-5毫米，基部合生部分长约1.2毫米，裂片椭圆形，先端钝；
雄蕊内藏，花丝贴生于花冠裂片的基部，分离部分长约0.5毫米；
花药阔心形，长约0.5毫米；
子房无毛，花柱粗短，长仅1毫米。
蒴果球形，直径4-5毫米。
花期6-7月；
果期7月。