在不同生态地理环境下，黄花岩黄耆的荚果形态有很大变化，表现出卵形、倒卵形、椭圆形、菱形等各式各样的形状。
黄花岩黄耆的荚果2-4节，无毛或有时边缘具星散的柔毛，节荚椭圆形、倒卵形、近圆形或菱形，两侧微凹，具网纹，边缘无翅。
黄花岩黄芪的种子淡黄褐色，半圆状肾形，长约2毫米，宽约1.5毫米。
黄花岩黄芪的茎多数，直立，无毛或被微柔毛，具明显棱槽。