马蹄芹，一年生草本，根状茎短，须根细长。
茎直立，高20-46厘米，无节，光滑。
基生叶圆形或肾形，长2-5厘米，宽5-11厘米，顶端稍凹入，基部深心形，边缘有圆锯齿，齿的顶端常微凹，很少有小尖头，齿缘或齿间有时疏生不明显的小刺毛，无毛或在脉上被短的粗伏毛，掌状脉7-11，中部以上分歧；
叶柄长8-25厘米，无毛。
总苞片2，着生茎的顶端，叶状，对生，长2-3厘米，宽5-6厘米，无柄；
花序梗3-6，生于两叶状苞片之间，不等长，长1.5-3厘米，通常两侧的较短，中间的与总苞片近等长或稍超出；
伞形花序有花9-40，花柄幼时软弱，果熟时粗壮，长O.6-1.1厘米，花柄基部有阔线形或披针形的小总苞片；
花瓣白色或草绿色，卵形，长1.2-1.4毫米，宽1-1.1毫米；
花柱短，长约O.3毫米，向外反曲。
果实背腹扁压，近四棱形，长3-3.5毫米，宽2.2-2.8毫米，背面有主棱5条，边缘扩展呈翅状。
花果期4-10月。
