琉球叉柱兰，植株高5-9厘米。
根状茎匍匐，肉质，具节，呈莲藕状，紫褐色。
茎直立，肉质，带褐色，无毛，具3-4枚叶。
叶片卵形至卵状圆形，长2-3厘米，宽1-2厘米，先端急尖，基部圆形或略成心形，无毛，上面呈有光泽的暗灰绿色，背面带红色；
叶柄长7-9毫米，基部略扩大成抱茎的鞘。
花茎顶生，长4-7厘米，直立，被毛；
总状花序具5-9朵花，长1-1.5厘米；
花苞片卵形，凹陷，长7-9毫米，先端渐尖，常较子房稍长；
子房圆柱状纺锤形，被毛，具花梗，连花梗长5-8毫米。
花多向一侧开放，小；
萼片白色略带红褐色，背面被疏的毛，长4.5-5毫米，下部的2/3处合生成筒状，萼筒展平时宽2.1-2.7毫米，上部1/3 3裂，裂片三角形；
花瓣白色，斜长圆形至倒披针形，长4-4.5毫米，宽0.7-2毫米，先端钝，具1脉，与中萼片紧贴；
唇瓣白色，呈T字形，长6-7毫米，基部稍凹陷呈浅囊状，囊内两侧各具1枚叉状2裂的柱状的胼胝体，中部具爪，爪部长3-4毫米，爪的先端突然扩大成2裂片，裂片近四方形，长2-2.5毫米，其前部边缘具不规则的齿，上面有毛，在裂片基部具1对绿色或灰色的斑点；
蕊柱短，具2枚长臂状附属物，附属物与蕊喙先端的2裂片等长且贴近；
花粉团共具1个狭长的粘盘；
蕊喙直立，深2裂呈叉状；
柱头2，位于蕊喙基部两侧。
花期1-2月。
