甘肃黄芪的荚果狭椭圆状长圆形，先端尖，长13-14毫米，宽4-6毫米，稍膨胀，果颈与萼筒近等长。
甘肃黄芪的龙骨瓣较旗瓣短或近等长，瓣片半卵形，具短耳，瓣柄与瓣片近等长。
甘肃黄芪的托叶离生，三角状披针形，长6-7毫米，具白色长缘毛。
甘肃黄芪的根直伸，暗褐色，颈部具数个细瘦的根状茎。