甘肃黄芪的根直伸，暗褐色，颈部具数个细瘦的根状茎。
甘肃黄芪的总状花序生8-18花，稍密集，偏向一边；总花梗生于基部叶腋，与叶近等长或较长，具条棱，散生白色长柔毛，上部混有黑色柔毛。
甘肃黄芪的花冠是青紫色。
甘肃黄芪的龙骨瓣较旗瓣短或近等长，瓣片半卵形，具短耳，瓣柄与瓣片近等长。