祁连山黄芪主要分布在青海东部的山坡沼泽地，海拔约3500米。
祁连山黄芪的旗瓣宽倒卵形，长10-11毫米，先端微凹，翼瓣与旗瓣近等长，瓣片长圆形，长约4毫米。
祁连山黄芪的总状花序有10余朵花，稍紧密、长1-2厘米，花序轴花后伸长，总花梗比叶长2-3倍。
祁连山黄芪的小叶卵圆形或长圆形，长1-2厘米，宽5-10毫米，先端钝或微凹，基部宽楔形或近圆形。