祁连山黄芪的总状花序有10余朵花，稍紧密、长1-2厘米，花序轴花后伸长，总花梗比叶长2-3倍。
祁连山黄芪的羽状复叶有9-13片小叶，叶柄长2-3厘米，托叶离生，叶状，椭圆形，长5-13毫米，宽3-7毫米，具白色缘毛。
7月
祁连山黄芪的花冠黄色，干时呈黑褐色。