滇南矮柱兰，假鳞茎密接，卵球形，高1-1.5厘米，粗1-1.5厘米，顶端具1枚叶或有时还生有另1枚小叶。
大叶倒披针状狭长圆形，长9-12厘米，宽1.2-1.5厘米，先端钝，基部收狭成柄；
叶柄长1.5-2厘米；
小叶很小，近椭圆形，长约1厘米。
花葶生于假鳞茎基部，纤细，高16-19厘米，中部以下有2-3枚筒状鞘；
总状花序长6-7厘米，略外弯，具20余朵小花；
花苞片卵状披针形，长2-2.5毫米；
花梗和子房长2-2.5毫米；
花淡黄绿色，近平展，不甚张开；
中萼片卵形，长2.5-3.1毫米，宽约1.5毫米，先端渐尖；
侧萼片与中萼片相似，略呈舟状，背面不具龙骨状脊或有时基部略呈脊状；
花瓣狭长圆形，长2.1-2.4毫米，宽约0.8毫米；
唇瓣卵状披针形，长约3毫米，下部宽约1.3毫米，边缘不内卷；
蕊柱短，无蕊柱足；
花药卵形，直立，长约1毫米；
蕊喙披针形，直立，先端2深裂（粘盘移去后）。
花期7月。
