指柱兰，根状茎圆柱形，近直生，长6-10毫米，直径1-2毫米，被绵毛状根毛，上部有1-2枚小鳞片，鳞片腋部有时有肉质分枝；
小块茎直径约3毫米。
茎纤细，长4-10厘米，多少有纵棱，中部具1叶，基部有1枚小鳞片状鞘。
叶片三角状卵形，长3-5毫米，宽2-4毫米，先端渐尖，具3脉。
总状花序具1-3花；
花苞片略小于叶，淡绿色；
花梗和子房长5-9毫米；
花淡绿色，仅唇瓣淡红紫色；
中萼片线形，长约4毫米，宽约0.5毫米，基部边缘有长缘毛；
侧萼片狭线形，长约2.5毫米；
花瓣长约3.5毫米，比中萼片狭；
唇瓣宽卵状圆形，长约3.5毫米，边缘具细齿，基部有附属物；
附属物肉质，长约1.5毫米，在中部分裂为上裂片与下裂片，上裂片略短于下裂片，两者先端均为2浅裂；
蕊柱长约3.5毫米，前方中部有1小突起。
花期8-9月。
