长冠鼠尾草的根茎匍匐或斜上升，短，近木质，根常增大成块根状，梭形，长1.5-3（5）厘米，粗3-5毫米，外皮朱红色，侧根丝状，多数。
长冠鼠尾草的别名有紫参（滇南本草）、丹参（云南大理）、劲枝丹参（植物名实图考）、串皮猫药（贵州罗甸）、野藿香（贵州贵阳）、活血草、散血草（四川青川）、山胡椒（广西隆林）。
5-8月
长冠鼠尾草的花萼钟状筒形或筒形，开花时长5-8毫米，外面在脉上被具腺短柔毛，疏生浅黄色腺点，内面无硬毛环，在上半部被微硬伏毛，二唇形。