柄花茜草的植物学分类由Diels, Levl., Hand.-Mazz. 和Deb等学者参与定义。
柄花茜草与R. manjith Roxb. ex Flem.的区别在于前者花冠5裂至中部，冠管杯状。
柄花茜草的模式标本采自云南丽江。
柄花茜草的花冠紫红色或黄白色，干时常变褐色，杯状，外面通常稍被短硬毛，冠管高约0.8-1毫米，裂片5，卵形至披针形，长约1-1.5毫米，强烈反折，顶端尾尖至短渐尖，有3脉，里面密被小乳突。