柄花茜草的花序通常比叶子长。
柄花茜草的花冠紫红色或黄白色，干时常变褐色，杯状，外面通常稍被短硬毛，冠管高约0.8-1毫米，裂片5，卵形至披针形，长约1-1.5毫米，强烈反折，顶端尾尖至短渐尖，有3脉，里面密被小乳突。
柄花茜草主要分布在中国的广西西部、四川西南部和云南。
柄花茜草的模式标本采自云南丽江。