糠秕马先蒿的种子卵形，黑色，长约2毫米。
糠秕马先蒿的花期为6-7月，果期为7-8月。
糠秕马先蒿的根茎极短或稍稍伸长而爬行，根颈有少数披针形的鳞片，根细须状丛生，内杂纺缍形膨大的块茎。
糠秕马先蒿的花冠紫红色，管长6毫米，无毛，喉部扩大，脉纹显著扭转，使其冠之上部多少返顾，盔的直立部分约与管等长，端以直角转折而成合有雄蕊的部分，前方再渐狭为喙，喙长约5毫米，端二裂，其裂片自身再作浅二裂，外方一枚小裂卵形，较大很多，较突然地凸出。