小花荆芥，一年生植物，高（2.5） 5-30（35）厘米，具细而垂直的主根。
茎直立，简单或分枝，茎及枝钝四棱形，具浅槽，密被白色短微柔毛及混生的具腺微柔毛。
下部及中部茎叶卵形、长圆状椭圆形至披针形，长0.8-4厘米，宽0.7-3.5厘米，先端钝，基部阔楔形或圆形，边缘具3-5个疏齿或几全缘，薄纸质，上面橄榄绿色，被微柔毛，下面较淡，被腺短柔毛及混生的小黄色腺点，侧脉4-5对，在叶基部的2-3对相距较近，与中肋在上面微凸起，在下面明显隆起，叶柄长1-3厘米，扁平，具狭翅，被毛同茎；
上部茎叶较小而狭，自披针形及长圆形至线形，先端锐尖或渐尖，基部楔形，具短柄至无柄。
聚伞花序生于渐变小的叶腋内，于主茎及侧枝顶部组成顶生圆锥花序；
较大的植株的下部聚伞花序分枝三级，长约6.5厘米，较小植株下部聚伞花序分枝二级或一级，长仅1-2.5厘米，上部的聚伞花序具长5-0毫米的总梗，总梗及序轴被毛同茎；
苞片线形，长2.5-3毫米。
花萼花时管形长3.5-4毫米，宽1-1.2毫米，喉部斜，绿色或浅紫色，外密被白色平展柔毛及混生的黄色小腺点，后3齿三角形或长圆状三角形，先端锐尖或渐尖，长0.7-1.1毫米，中间1齿最长，两侧的较短，微斜倾，前2齿狭披针形，长1.2毫米，先端长渐尖，萼上部均染淡紫色，果时花萼增大，瓶状，长4.5-6.5毫米，宽约2毫米。
花冠淡紫色，长4.5-6毫米，略超出萼，外面被疏柔毛，冠筒纤细，长约2.5毫米，宽约0.7毫米，向上扩展成长1毫米宽至1.2毫米的喉，冠檐二唇形，上唇直立，长约0.8毫米，先端深裂成2圆裂片，下唇长几为上唇之2倍，平仲，中裂片心脏形，长1.1毫米，宽1.3毫米，先端微凹，边缘波状，侧裂片半圆形，长0.3毫米，宽0.7毫米。
雄蕊略短于上唇或与之等长。
小坚果长圆状卵形，长约1.5毫米，宽约0.7毫米，腹部具钝棱，暗褐色，具小疣。
花、果期6-7月。
