阿里山全唇兰，植株矮小，高5-6厘米。
根状茎纤细，具节，节上生根。
茎斜上，白色带红，具数枚叶。
叶片卵形或圆状卵形，长7-15毫米，宽5-10毫米，上面绿色，背面灰绿色，边缘略波状，具3条主脉，先端急尖，基部钝圆，骤狭成柄；
叶柄长5-10毫米，下部扩大成抱茎的鞘。
花序长达3厘米，顶生1-2朵花，花序轴纤细，被毛；
花苞片披针形，短于子房；
子房圆柱状纺锤形，扭转，无毛，连花梗长约1.3厘米；
花白色，不甚张开；
萼片披针形，凹陷，舟状，长7-9毫米，宽2.5-3.5毫米，具1脉，基部围抱唇瓣，鼓出；
花瓣斜歪，狭卵形，长7-8.5毫米，宽2.8毫米，上部骤狭，向上弯曲，先端钝，具1脉；
唇瓣呈Y字形，长10-12毫米，前部扩大成2裂，裂片长圆形，叉开，宽约5.4毫米，先端钝，中部收狭成管状的爪，爪部表面具细小的疣状突起，基部扩大，凹陷呈囊状，囊内具2枚肉质、近长方形，其顶部2齿状的胼胝体。
花期5-8月。
