水松的球果倒卵圆形，长2-2.5厘米，径1.3-1.5厘米；种鳞木质，扁平，中部的倒卵形，基部楔形，先端圆，鳞背近边缘处有6-10个微向外反的三角状尖齿。
水松的花期是1-2月，球果秋后成熟。
树干基部膨大成柱槽状，并且有伸出土面或水面的吸收根，柱槽高达70余厘米，干基直径达60-120厘米，树干有扭纹。
水松的叶子有鳞形叶、条形叶和条状钻形叶三种类型。