南天麻，植株高20-80厘米；
根状茎略肥厚，多少块茎状，近圆柱形，长3-15厘米，直径约1厘米，具较密的节。
茎直立，无绿叶，下部疏生数枚鳞片状鞘。
总状花序长5-20厘米，具4-18朵花；
花苞片三角形，长3-4毫米；
花梗和子房长5-6毫米，明显长于花梗和子房，花梗在果期不延长；
花外面浅灰褐色或黄绿色，中脉处有紫色条纹，内面浅褐黄色；
萼片和花瓣合生成的花被筒长约1厘米，近斜卵状圆筒形，顶端具5枚裂片，但前方亦即两枚侧萼片合生处的裂口几乎深达近基部，使唇瓣多少外露，筒的基部略向前方凸出；
花被裂片宽卵状圆形，长2.5-3毫米，外轮裂片略大于内轮裂片；
唇瓣以基部的爪贴生于蕊柱足末端；
爪长3-4毫米，上面有2枚胼胝体；
唇瓣上部卵圆形，长5-6毫米；
蕊柱长6-8毫米，具翅，有蕊柱足。
花期6-7月。
