雄蕊6枚，3长3短，长的从花被筒喉部伸出，短的生于近喉部，花丝上有腺毛。子房上位，长梨形，3室，胚珠多数。
凤眼莲的茎极短，具长匍匐枝，须根发达，棕黑色，长达30厘米。
海拔200-1500米的水塘、沟渠及稻田中。
花葶从叶柄基部的鞘状苞片腋内伸出，穗状花序通常具9-12朵花，花被裂片6枚，紫蓝色，花冠略两侧对称，直径4-6厘米，上方1枚裂片较大，有黄色圆斑。