翅梗石斛的花期在3至4月。
翅梗石斛的总状花序出自具叶的茎中部或近顶端，常具2朵花，花序柄长1-4厘米；花苞片肉质，卵状三角形，长约5毫米，先端锐尖。
翅梗石斛的唇瓣直立，与蕊柱近平行，长2.5厘米，基部具短爪，3裂，侧裂片围抱蕊柱，近倒卵形，先端圆形，上部边缘具细齿，中裂片近圆形，唇盘密被乳突。
翅梗石斛的蕊柱长约6毫米，蕊柱齿上缘具数个浅缺刻；药帽圆锥形，长约5毫米，光滑。