晶帽石斛的总状花序数个，出自去年生落了叶的老茎上部，具1-2朵花；花序柄短，长6-8毫米，基部被3-4枚长3-5毫米的鞘。
晶帽石斛的唇瓣桔黄色，上部紫红色，近圆形，长2.5厘米，全缘，两面密被短绒毛。
晶帽石斛的花期是5-7月，果期是7-8月。
晶帽石斛的花瓣长圆形，长3.2厘米，宽1.2厘米，先端急尖，边缘多少波状，具7条脉。