云南翠雀花，茎高（40-）60-90厘米，下部被反曲的短柔毛，上部无毛，自中部或下部有少数分枝，疏生4-6叶。
茎最下部叶在开花时枯萎，下部叶有长柄；
叶片五角形，长3.6-5.8厘米，宽5.5-10厘米，三深裂至距基部3-5毫米处，中央深裂片菱状楔形，三深裂，二回裂片狭三角形至狭披针形，全缘或有1-2个小裂片，侧深裂片不等二深裂，表面被贴伏的短柔毛，背面疏被糙毛；
叶柄长8.8-13厘米。
上部茎生叶变小，深裂片常全缘，披针状线形。
总状花序狭长，疏生3-10花；
基部苞片叶状，有时披针状线形，其他苞片小，钻形；
花梗长1.2-5.5厘米，无毛或近无毛；
小苞片生花梗上部，钻形，长3.5-4.5厘米；
萼片蓝紫色，椭圆状倒卵形，长0.9-1.4厘米，外面疏被短柔毛，距钻形，长1.7-2.4厘米，直或稍向下弯曲；
花瓣无毛；
退化雄蕊紫色，瓣片倒卵形，二裂至中部，腹面有黄色髯毛；
花丝无毛或疏被短毛；
心皮3，子房密被短伏毛。
蓇葖长约1.8厘米；
种子小，金字塔形，沿稜有狭翅。
8-10月开花。
