小花杓兰，植株矮小，高8-10厘米，具细长而横走的根状茎。
茎直立或稍弯曲，长2-6厘米，无毛，基部具2-3枚鞘，顶端生2枚叶。
叶近对生，平展或近铺地；
叶片椭圆形或倒卵状椭圆形，长7-9厘米，宽3.5-6厘米，先端具短尖头，无毛。
花序顶生，直立，具1花；
花序柄长2-5厘米，密被红锈色长柔毛，花后继续延长，到果期长可达25厘米；
花苞片不存在；
子房长5-6毫米，密被红锈色长柔毛；
花小，淡绿色，萼片与花瓣有黑紫色斑点与短条纹，唇瓣有黑紫色长条纹，但囊口周围白色并有淡紫红色斑点；
中萼片卵形，凹陷，长1.2-1.7厘米，宽8-10毫米，先端急尖或具短尖，背面密被紫色长柔毛；
合萼片椭圆形，长1-1.3厘米，宽8-9毫米，先端略2浅裂，背面亦密被长柔毛；
花瓣卵状椭圆形，长1.3-1.4厘米，宽5-8毫米，先端急尖，无毛或末端略有毛；
唇瓣囊状，近椭圆形，明显的腹背压扁，长约1厘米，囊前方有乳头状突起；
退化雄蕊宽椭圆形或近四方形，长约3毫米，基部略有耳。
花期5-6月。
