贝母兰的花葶连同幼嫩假鳞茎和叶从靠近老假鳞茎基部的根状茎上发出，长8-12厘米，下半部为鞘所包。
贝母兰的唇瓣卵形，与花瓣近等长，凹陷，3裂；侧裂片半卵形，近全缘，直立；中裂片宽倒卵圆形或近扁圆形，长1.2-1.5厘米，先端钝或微凹，边缘近全缘，上面有2条短而宽的纵褶片；唇盘上有5条褶片完全撕裂成流苏状毛。
贝母兰的萼片披针形或长圆状披针形，长3-4厘米，宽1-1.5厘米，先端急尖，背面多少具龙骨状突起；花瓣与萼片相似，宽约9-11毫米。
贝母兰的蕊柱稍向前倾，长2-3厘米，两侧边缘具翅；翅自下向上渐宽，上部一侧宽约1.5毫米，顶端微凹或近截形。