短叶荷包蕨，小形植物，高3-10厘米。
根状茎直立，有少数鳞片，鳞片厚膜质，披针形，长2毫米，宽约0.7毫米，先端常有一根刚毛或无。
叶多数，簇生，枯死后常留有黑褐色的叶轴；
叶近无柄，叶片厚纸质，下面有一、二灰白色细毛，上面无毛，条形，长1.5-3.5厘米，宽达5毫米，向两端略变狭，基部下延，羽状深裂几达羽轴，缺刻宽；
裂片彼此远分开，中部以下的不育，较长，短条形或矩圆形，长1-2.5毫米，宽约0.7毫米，全缘，仅有小脉1条，远离叶边，上部2-7对裂片能育，阔椭圆形或近圆形，幼时在下面从下向上对折包被孢子囊群。
孢子囊群生于裂片主脉中部，近圆形，每裂片1枚。
孢子囊上无刚毛。
