云南柴胡与匍枝柴胡极近似，区别在于云南柴胡的总苞片较显著，其中最长的一片往往超过较短的伞辐或与之等长；小总苞片5，长椭圆形，顶端尾状长渐尖，绿色。
7-8月
茎中、上部叶狭披针形或披针形，长2.5-10厘米，宽3-7毫米，基部抱茎，下部略扩大，顶端长渐尖，多呈尾状，9-15脉。
云南柴胡的果实长圆形，棱狭翼状，每棱槽油管3，合生面4。