云南柴胡的基生叶较短，顶端渐尖，无柄，基部抱茎，5-7脉。
云南柴胡的花期是7-8月，果期是8-9月。
云南柴胡的花瓣紫黑色，很少黄带紫色的，顶端内折，中肋凸出，舌片梯形。
云南柴胡的果实长圆形，棱狭翼状，每棱槽油管3，合生面4。