云南柴胡的茎单一或数茎，细瘦，上有细条纹。
紫黑色、紫色
云南柴胡的花瓣紫黑色，很少黄带紫色的，顶端内折，中肋凸出，舌片梯形。
茎中、上部叶狭披针形或披针形，长2.5-10厘米，宽3-7毫米，基部抱茎，下部略扩大，顶端长渐尖，多呈尾状，9-15脉。