祁连山黄芪的荚果纺锤形，长约2厘米，散生黑色柔毛。
祁连山黄芪的羽状复叶有9-13片小叶，叶柄长2-3厘米，托叶离生，叶状，椭圆形，长5-13毫米，宽3-7毫米，具白色缘毛。
祁连山黄芪的花萼钟状，长约5毫米，萼筒带黑紫色，无毛，萼齿披针形，长约2毫米，内面被黑色柔毛。
祁连山黄芪的花冠黄色，干时呈黑褐色。