高山紫菀的瘦果长圆形，基部较狭，长3毫米，宽1-1.2毫米，褐色，被密绢毛。
高山紫菀的下部叶在花期生存，匙状或线状长圆形，长1-10厘米，宽0.4-1.5厘米，渐狭成具翅的柄，有时成长达11厘米的细柄，全缘，顶端圆形或稍尖。
原变种var. alpinus茎高10-20厘米，有时达30厘米，头状花序径3-3.5厘米。
蛇岩变种 var. serpentimontanus 的茎高10-20厘米，有时达35厘米。头状花序径3.5-5.5厘米。