高山紫菀的瘦果长圆形,基部较狭,长3毫米,宽1-1.2毫米,褐色,被密绢毛。
高山紫菀的根状茎粗壮,有丛生的茎和莲座状叶丛。
高山紫菀的总苞片2-3层,等长或外层稍短。
蛇岩变种 var. serpentimontanus 的茎高10-20厘米,有时达35厘米。头状花序径3.5-5.5厘米。