高山紫菀的瘦果长圆形，基部较狭，长3毫米，宽1-1.2毫米，褐色，被密绢毛。
高山紫菀的根状茎粗壮，有丛生的茎和莲座状叶丛。
高山紫菀的总苞片2-3层，等长或外层稍短。
蛇岩变种 var. serpentimontanus 的茎高10-20厘米，有时达35厘米。头状花序径3.5-5.5厘米。