高山紫菀的头状花序在茎端单生，径3-3.5或达5厘米。
高山紫菀的根状茎粗壮，有丛生的茎和莲座状叶丛。
原变种var. alpinus茎高10-20厘米，有时达30厘米，头状花序径3-3.5厘米。
蛇岩变种 var. serpentimontanus 的茎高10-20厘米，有时达35厘米。头状花序径3.5-5.5厘米。