阿尔泰乌头，块根狭倒圆锥形，长3-4厘米，粗达1厘米。
茎高70-100厘米，粗5-7毫米，下部无毛，上部疏被短柔毛，不分枝。
茎下部叶具长柄，在开花时枯萎，中部以上叶具短柄；
叶片五角形，长达5厘米，宽达6.5厘米，基部心形，三全裂达或近基部，中央全裂片菱形，羽状深裂近中脉，二回裂片线形，侧全裂片不等二深裂近基部，表面只沿脉有短伏毛，背面无毛，有短缘毛；
叶柄长达15厘米。
花序长8-15厘米；
轴和花梗被开展的短柔毛；
下部苞片叶状，其他苞片线形；
花梗长0.7-2厘米；
小苞片生花梗下部或上部，狭线形，长2.5-3毫米；
萼片蓝紫色，外面疏被短柔毛，上萼片船形，自基部至短喙长约1.4厘米，中部宽约6毫米，侧萼片圆倒卵形，长约1.2厘米，下萼片长约6毫米；
花瓣无毛，瓣片长约8毫米，唇长约4.5毫米，不明显微凹，距长约1毫米；
雄蕊无毛，花丝全缘；
心皮3，背面疏被短毛。
蓇葖长1-1.3厘米；
种子狭四面体形，长约3.5毫米，只一面有横狭翅。
8-9月初开花。
