居间变种的模式标本采自洱源罗平山。
灰岩黄芩的叶子草质，下部者变小，近圆形，长宽约1厘米，上部者较大，宽卵圆形，长1.6-2.5厘米，宽1.4-2.2厘米，先端钝或圆形，基部浅心脏形，边缘有圆齿状锯齿。
灰岩黄芩的雄蕊有4个，二强；花丝扁平，下部被小纤毛。
灰岩黄芩的根茎匍匐，增粗，径达1.5厘米。